Олон нийтийн мэдээллийн дүн шинжилгээ
SARS-CoV-2-ын удам угсаа болон дээжийг Чилигээс авах боломжтой дарааллаас авсан огноог Consorcio Genomas CoV2 сайтаас авсан. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Вакцинжуулалтын мэдээллийг Шинжлэх ухаан, технологи, мэдлэг, инновацийн яамнаас авах боломжтой олон нийтийн мэдээллээс авсан болно https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Бүтээгдэхүүн 83).
Халдвартай байдлын шинжилгээ
Өөр өөр SARS-CoV-2 баяжуулалтын уураг агуулсан псевдотипт вирусыг бидний өмнө дурдсанчлан бэлтгэсэн.12. Товчхондоо, ХДХВ-1-д суурилсан SARS-CoV-2 псевдотипүүдийг HEK293T эсүүдэд pNL4.3-ΔEnv-Luc-ийг харгалзах pCDNA-SARS-CoV-2 Spike кодлогч векторын хамт 1:1 молийн харьцаагаар шилжүүлэн суулгасан. С-терминал төгсгөлийн сүүлийн 19 амин хүчлийг (SΔ19) агуулаагүй кодоноор оновчтой баяжуулалтыг кодлодог плазмидууд нь эндоплазмын торонд үлдэхээс сэргийлдэг.12 генийн нийлэгжилтээр эсвэл өөрчилсөн сайт руу чиглэсэн мутагенезаар (GeneScript) олж авсан бөгөөд дараах мутацуудыг агуулж байна: удам А (лавлагаа дараалал), удам B (D614G), удам B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), удам угсаа P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, T37I) ба 75- 76, L246Q, F252S, D452G, T490N). Псевдотипийн бэлдмэл бүрийг тасалгааны температурт 614 эрг / мин-д центрифугээр цэвэрлэж, HIV-859 Gag p3,000 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems) ашиглан хэмжигдэхүүнийг тодорхойлж, 1%-ийн ургийн үхрийн ийлдэс (Сигма-Алдрих)-д хуваагаад -24 °C температурт хадгална. ашиглах. HEK-ACE50 эсийг халдварлуулахын тулд янз бүрийн хэмжээний псевдотипт вирусыг (ХДХВ-80 p1 уургийн түвшингээр тодорхойлсон) ашигласан бөгөөд 24 цагийн дараа Glomax 2 бичил хавтан дахь Люциферазын шинжилгээний урвалж (Промега) ашиглан галт люциферазын идэвхийг хэмжсэн. гэрэл хэмжигч (Promega).
Саармагжуулах шинжилгээ
Псевдотипт вирус саармагжуулах шинжилгээг бидний өмнө тайлбарласны дагуу үндсэндээ хийсэн12. Товчхондоо, сийвэнгийн дээжийн цуваа шингэрүүлэлтийг (1:4-1:8748) DMEM-д 10%-ийн ургийн үхрийн ийлдэсээр бэлтгэж, псевдотипт вирус тус бүрээс 5 нг p24-ээр 1 ° C-т 37 цагийн турш өсгөвөрлөсөн ба дараа нь 1 × 10.4 Худаг тус бүрт HEK-ACE2 эсийг нэмсэн. Сөрөг хяналт болгон псевдотипт вирус (удам А) өсгөвөрлөсөн HEK293T эсийг (ACE2-ийг илэрхийлэхгүй) ашигласан. 48 цагийн дараа эсүүдийг задалж, галт хорхойн люциферазын идэвхийг Гломакс 96 микропластын гэрлийн хэмжигч (Promega) дахь Люциферазын шинжилгээний урвалж (Promega) ашиглан хэмжсэн. Шингэрэлт тус бүрийн саармагжуулалтын хувийг тооцоолж, дээж бүрийн ID50-ийг GraphPad Prism хувилбар 9.0.1 ашиглан тооцоолсон.
Статистик дүн шинжилгээ
Статистикийн шинжилгээг GraphPad Prism программын 9.1.2 хувилбарыг ашиглан хийсэн. SARS-CoV-2 псевдотипт вирусын эсрэг эсрэгбиеийн титрүүдийг (NAbTs) саармагжуулах олон бүлгийн харьцуулалт, түүнчлэн NAbs-ийн хариу урвалыг хүйс, утааны төлөвөөр харьцуулахыг хосолсон Wilcoxon гарын үсэг бүхий эрэмбийн тест ашиглан хийсэн. Хүчин зүйлийн өөрчлөлтийг ID дахь геометрийн дундаж титрийн зөрүүгээр тооцсон50 Зэрлэг төрлийн псевдотипт вирустэй харьцуулахад. NAbTs ба нас эсвэл BMI хоорондын хамаарлын шинжилгээг Спирманы тест ашиглан хийсэн. Халдвартай байдлын статистик шинжилгээнд зориулж нэг талын ANOVA болон Tukey-ийн олон харьцуулах тестийг хийсэн. p утга ≤0.05 бол статистикийн хувьд ач холбогдолтой гэж үзсэн.
Ёс зүйн баталгаа
Судалгааны протоколыг Чилийн Их Сургуулийн Анагаах Ухааны факультетийн Ёс зүйн хороо (Төсөл N° 0361-2021 ба N° 096-2020) болон Клиника Санта Мария (Төсөл N°132604-21) баталсан. Бүх хандивлагчид мэдээлэлтэй зөвшөөрөлд гарын үсэг зурсан бөгөөд дээжийг нь нэрээ нууцалсан.
Ламбда хувилбар дахь баяжуулалтын мутацийн халдварт байдал ба саармагжуулах эсрэгбиеийн хариу урвалд үзүүлэх нөлөө
3695-р сарын 24-ний байдлаар GISAID-д хадгалуулсан Чилигээс XNUMX дарааллын дүн шинжилгээ.th 2021 он нь сүүлийн гурван сарын бүртгэлд SARS-CoV-2 хувилбаруудын Гамма ба Ламбда нь бүх дарааллын 79%-д илт давамгайлж байгааг харуулж байна.
Сонирхуулахад, энэ үе нь 65.6-р сарын 18-ны байдлаар зорилтот бүлгийн хүн амын 27% (XNUMX ба түүнээс дээш насныхан) вакцинжуулалтад бүрэн хамрагдаж, вакцинжуулалтын томоохон кампанит ажил явагдсанаар тодорхойлогддог.th 2021
Бүрэн схемээр тарьсан хүмүүсийн 78.2% нь Sinovac Biotech-ийн идэвхгүйжүүлсэн вирусын CoronaVac вакциныг хүлээн авсан тул бид Ламбда хувилбарт байгаа баяжуулалтын мутаци нь энэ вакцинаас үүссэн эсрэгбиеийн саармагжуулах хүчин чадалд хэрхэн нөлөөлж байгааг судлахыг эрэлхийлсэн.
Үүний тулд бид ХДХВ-1-д суурилсан SARS-CoV-2 псевдотипт вирусыг үүсгэсэн бөгөөд Ухань-1 лавлагаа удамшлын (Зэрлэг төрөл; удам А), D614G мутаци (угийн В), Альфа (угийн В)-ийн баяжуулалтын уураг агуулсан. .1.1.7), Гамма (удам P.1) ба Ламбда (удам C.37) хувилбарууд.
Вирус бэлтгэх явцад бид Ламбда баяжуулалтын псевдотипт вирусээр халдварласан эсүүд нь D614G мутант эсвэл Альфа ба Гамма хувилбаруудтай харьцуулахад биолюминесценцийн мэдэгдэхүйц өндөр утгыг үүсгэдэг болохыг байнга ажигласан бөгөөд энэ нь Ламбда баяжуулалтын уургаар үүсгэгддэг халдварт байдал нэмэгдсэнийг харуулж байна.
Зураг 1.Төрөл бүрийн баяжуулалтын уургаар дамжин халдварладаг.
(A) SARS-CoV-2 баяжуулалтын уураг ба энэ судалгаанд ашигласан хувилбаруудын бүдүүвч дүрслэл. Удам угсаа нь хаалтанд бичигдсэн. RBD, рецепторыг холбох домэйн, CM; цитоплазмын сүүл.
(B) ХДХВ-1 p24-тэй тэнцүү хэмжээгээр удам угсаа бүрийн псевдотипийг титрлэх. Галт шувууны люциферазын идэвхийг халдвар авснаас хойш 48 цагийн дараа харьцангуй гэрэлтэх нэгжээр (RLU) хэмжсэн. Дундаж болон SD-ийг төлөөллийн гурвалсан туршилтаас тооцоолсон.
Дараа нь бид Чили улсын Сантьяго хотын Универсидад де Чилийн эрүүл мэндийн ажилтнууд болон Санта Мариа клиникийн эрүүл мэндийн ажилтнуудаас авсан 79 плазмын дээжийг ашиглан саармагжуулах шинжилгээ хийхэд дээр дурдсан псевдотипт вирусыг ашигласан.
Бид ID4 титрийг тооцоолж чадаагүй тул 50 дээжийг хассан. Шинжилсэн дээжийн 73% нь эмэгтэйчүүд, дундаж нас 34 (IQR 29 – 43), биеийн дээд индекс (BMI) 25 (IQR 22.7 – 27) байна. Судалгаанд хамрагдагсдын 20.5% нь дархлаажуулалтын хугацаа үргэлжилж байхад идэвхтэй тамхи татдаг гэж мэдэгджээ. Дээжийг CoronaVac вакцины хоёр дахь тунгаас хойш дунджаар 95 хоногийн дотор (IQR 76 – 96) авсан.
Зэрлэг төрлийн баяжуулалтын уураг агуулсан псевдотипт вирусыг саармагжуулснаар 50%-ийн дарангуйлагч шингэрүүлэлт (ID) үүссэн болохыг бид ажигласан.50) дундаж титр 191.46 (154.9 – 227.95, 95% CI,), харин 153.92 (115.68 – 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 – 163.2, 95% CI104.57, 75.02), CI ) ба D134.11G мутант эсвэл Альфа, Гамма, Ламбда хувилбаруудын баяжуулалтын уураг агуулсан псевдотипт вирусын хувьд 95 (78.75 – 49.8, 107.6% CI) байна.
Мөн бид ID-ийн геометрийн дундаж титр байгааг ажигласан50 Титр 3.05 дахин (2.57 – 3.61, 95% CI), Ламбда баяжуулалтын псевдотипт вирусын хувьд 2.33 (1.95 – 2.80, 95% CI), 2.03 (1.71 – CI) дахин буурсан байна. Зэрлэг төрлийн өргөлттэй харьцуулахад Альфа баяжуулалтын хувьд, D2.41G-ийн хувьд 95 (1.37 – 1.20, 1.55% CI) байна.
Манай судалгааны бүлэгт хүйс, нас, биеийн жингийн индекс (BMI) эсвэл утааны байдал, саармагжуулах эсрэгбиеийн титр хоорондын хамаарал ажиглагдаагүй.
Зураг 2.CoronaVac вакцин хийлгэсэн хүмүүсийн плазмын дээжийг ашиглан саармагжуулах шинжилгээ
(A) 50%-ийн харилцан саармагжуулах титрийн өөрчлөлт (ID50) D75G (угийн В), Альфа (удам B.614)-ийн эсрэг CoronaVac вакциныг хүлээн авсан 1.1.7 хүний цусны сийвэнгийн дээжинд
Гамма (удам P.1) ба Ламбда (удам C.37) хувилбарууд нь зэрлэг төрлийн вирустэй харьцуулахад. Үр дүнг тохирсон дээжийн саармагжуулах титрийн зөрүүгээр харуулав. ID-г харьцуулах P утгууд50 Вилкоксон тэмдэгт зэрэглэлийн тестээр тооцдог.
(B) Хайрцагны графикууд нь ID-ийн дундаж ба дөрөвний хоорондох мужийг (IQR) зааж өгсөн50 псевдотипт вирус бүрийн хувьд. Хүчин зүйлийн өөрчлөлтийг ID дахь геометрийн дундаж титрийн зөрүүгээр харуулав50 Зэрлэг төрлийн псевдотипт вирустэй харьцуулахад. Статистикийн шинжилгээг Wilcoxon matched-pairs signed-rank test ашиглан хийсэн.
Чили болон Өмнөд Америкийн орнуудад маш их эргэлдэж байгаа шинэхэн танигдсан сонирхлын хувилбар болох Ламбда-ийн баяжуулалтын уураг нь халдварт чанарыг нэмэгдүүлж, CoronaVac-ийн үүсгэсэн эсрэгбиемүүдийг саармагжуулах чадвараас зайлсхийх чадвартай болохыг бидний мэдээлэл хамтдаа илрүүлсэн.
